耶穌會神父于1947年接管奶路臣街旁的華仁書院時,就夢想在學校建造一所寬敞明亮的大教堂﹐來保證學生的宗教生活。在依納爵堂建造之前,華仁書院一樓的兩間教室暫作祈禱使用,每天為60多名學生舉行彌撒。1957-1960年,梁德根神父(Fr Herbert Dargan, SJ)任耶穌會團體院長兼華仁校長期間,著手修建聖依納爵堂。1959年大堂竣工,同年 11月16日 ,白英奇主教(Rev.Lawrence Bianchi) 在眾多耶穌會士的陪同下,舉行了隆重的新堂奉獻禮。

佔地 3000平方米 的聖依納爵堂宏偉壯觀。建築師 Mr Luke在1958年設計依納爵堂時的思路,是保證夏天聖堂內不會太熱。 所以他在主體堂軀四週,加增了 兩米 多寬的迴廊,迴廊外圍築起一道有十字形和圓形通風孔的紅色磚牆,以遮陰隔熱。聖堂本體部分則幾乎全由玻璃圍成,以保證外部涼風暢通流入。堂內的熱氣則會上昇,通過屋頂27個頂孔溢出。整個屋頂吊在九根橫梁下,由堂身兩側的水泥柱支撐,使得堂體寬闊高深。這樣的聖堂架構,遮蔽了外面強烈的陽光,卻不妨礙內外空氣流通,玻璃牆體又可以保證良好的採光性,的確顯示了獨特的實用理念。

之後,隨著香港的發展,華仁旁邊的鐵路和公路交通日益繁忙,聖堂的這種開放式設計,卻透進了許多噪音和灰塵,原先的優點慢慢變成了缺陷。1984年陳神父將聖堂大門前廊外的拉丁文──Ad Majorem Dei Gloriam(愈顯主榮)──改換成漢字"聖依納爵堂", 同時在兩旁立柱上鑲刻了展示耶穌會辦學理念的對聯,"愈顯主榮步武宗徒芳躅,洪開聖學廣傳救世福音"。

聖依納爵堂落成時,有十多位耶穌會神父在華仁服務,新建的依納爵堂每日舉行四臺拉丁彌撒。彌撒多數為全校學生,有時則以班為單位舉行。當時的輔祭會是一個擁有60名學生的大組織。時至今日,輔祭會仍有20多位學生。1968年後,聖依納爵堂開始推行中文彌撒。

1973年,陳福偉神父(Fr Francis Chan﹐SJ) 被任命為聖依納爵堂的主任。陳神父1923年生於深水步,1937年在羅便臣道的華仁讀書,1940年加入耶穌會。後赴菲律賓修讀至1948年。1950-1956年間,陳神父在愛爾蘭和英格蘭深造。1957年開始在華仁作全職教師直到1986年。1991年,陳神父移居倫敦﹐為當地華人服務,最後於 1993年12月4日 在愛爾蘭都柏林過世。陳神父在教友心中是一位非常投入的好神父,一位滿懷使徒熱情、精力充沛的模範會士。陳神父在華仁書院教授聖經和西方歷史,同時也積極為慕道學生講授教理。

作為依納爵堂的主任司鐸,陳神父決定將慕道班開放給學校外面的人群。他在中文報紙上登告示,收到了很好的回應,有很多家庭及個人前來慕道。陳神父每年都要施行兩三次洗禮,每次領洗者都有四五十人。由於陳神父的努力,及Mrs Emily Siu的協助,前來聖堂參與彌撒的人數越來越多。起初,聖依納爵堂主要為華仁學生及其家人朋友服務,此時則愈來愈像一個正式的堂區。1988年,胡振中主教將聖依納爵堂升為牧民區,負責學校附近教友的牧靈工作。自此,聖依納爵堂可以獨立施行領洗、堅振等入門聖事。

如果說陳福偉神父擴展了聖依納爵堂的服務對象,那麼徐志忠神父則改善了聖依納爵堂的硬體設施。徐志忠神父于1994年接任聖依納爵堂牧靈主任,一年後在祭衣房配備了冷氣。得益于堂區眾教友的慷慨支持,1998年聖依納爵堂實現了全面冷氣化。與此同時,祭衣房二樓重新改建的會議室和Collins Room投入使用。2004年,曾為學校學生會借用的祭衣房一樓退還給聖堂,於是有了現在的Faber Room,Xavier Room和Cecilia Room,供主日學及其他教友團體開展活動。

在所有的更新工程中,最重要的是堂內的裝修:聖堂的地面全部以大理石鋪成,乾淨典雅。新建的祭台,從正面看上去成半圓狀,形似彌撒中用的面餅,前表面鑲有依納爵在拉斯道達神視中的圖案。祭台左前方的講道亭下設有式樣獨特的聖洗池,池中迴圈的流水與旁邊的彩繪玻璃交相輝映。

2006年7月,梁宗溢神父被任命為聖依納爵堂主任司鐸。梁神父上任後,除了進一步加強堂區管理與牧靈服務外,更著手解決漏水及屋頂水泥脫落問題。主體維修工程於2007年聖周前結束。

1991-1994年,苑祥斌神父擔任聖依納爵堂牧靈主任。2006年,苑神父再次回到依納爵堂,與余理謙神父(Fr James Hurley)一起協助梁神父,開展堂區工作。余理謙神父先後在牛頭角、黃大仙和柴灣等地從事牧靈工作幾十年。余神父于1998年9月, 以助理司鐸的身份加入聖堂牧靈服務。1999年,在余神父的幫助下,堂區英語禮儀組成立,特別服務於主日早上10﹕15 的彌撒。 同年5月,Mrs. JaneTedbury和 Mrs. Elizabeth Johnson開始發行英文版堂區通訊。

除了上面三位神父,目前還有華仁耶穌會團體的魏志立神父(Fr Harold Naylor),白敏慈神父(Fr Marciano Baptista)及其他地方包括澳門的神父,幫助舉行主日天的彌撒聖祭。

聖依納爵堂于1977年成立了無原罪老人協會,每月定期在學校玻璃房聚會。聖依納爵堂建立初期,聖堂的鮮花由輔祭人員負責,後來插花組慢慢形成了一個團體,現在由其成員輪流負責。聖依納爵堂持續至今的永助聖母敬禮,起初於每星期三晚上舉行,直到1995年才移至週六早上7﹕15的彌撒之後。

對於許多華仁的天主教同學而言,聖依納爵堂是他們華仁時代靈性生活的中心。畢業後,不少華仁舊生依舊照習慣前來參加主日彌撒,持續將聖堂作為他們的宗教活動中心。即使那些已移居他處的校友,仍與聖依納爵堂保持著密切的聯系。

聖依納爵堂在50多年的牧靈服務中,有數百萬的教友前來參與彌撒,領受聖事。在堂區服務的神父也來來往往﹐時有調動。